מושב בית הלל נוסד בינואר 1940 , הרביעי במסגרת הקמת חומה ומגדל ב"מצודות אוסישקין" שכוללים את הישובים דן, דפנה, שאר ישוב ובית הלל.
החיים במחנה הצר בחומה התנהלו במשותף כמו קיבוץ , במשך שנים נאבקו התושבים על פת לחמם בעבודה קשה במשקם ובישובי האזור,בשנת 1974 התנתק הישוב מהמועצה האזורית הגליל העליון , המאגדת את קיבוצי הגליל העליון , והצטרף למועצה חדשה שהוקמה בשנה זו- המועצה האזורית מבואות החרמון.
הישוב רשום מאז הקמתו כאגודה חקלאית שיתופית בע"מ ובשנת 1990 הוקמה אגודה מוניציפאלית בה חברים כל חברי האגודה החקלאית וכן תושבים שהם אינם חקלאיים.